其次，司农寺所管的农业和都水监所管的水利密切相关，两个小部门可以合并成为一个大部，称为农水部，既减少了一个部门，又可以有利于农业和水利的协调推进。
户部的职能相对太多，应该分成两个部门，一个是财税部，专门负责财政管理和收取赋税，集中精力管好国家财务；一个是民政部，集中负责户口、婚丧、宗教、民族事关百姓的各类基础事务，特别是处理好新征服地区少数民族的融入问题。
工部的职能也要进行分解，成立建设部，专门负责国家大项工程的建设，对民间的各类工程、房屋建设进行管理；成立交通部，负责道路建设、修建铁路，水运、海运也要管起来；将科工部的建筑司抽出来给建设部，把交通司抽出来给交通部。
对科工部剩余的机构进行重组，在科技司的基础上组建科学司、技术司，其中科学司加挂科学院的牌子，负责科学知识的推广，搜集一些科学理论和技术专家加入科学院，技术司则重点负责每年科学大会的筹办，推广重要的使用的技术。新的科工部包含火器司、战船司、科学司、技术司，集中精力负责军事工业和科技发明的推广。
大理寺、刑部、御史台也要进行重整，大理寺改为审判院，专门负责重要案件的审理判定；刑部改为司法部，专门负责社会治安和各类法律的制定；御史台改为监察院，专门负责对公职人员的监督、调查和公诉。
吏部改为人事部，不再局限于管理官吏，对其他公职人员都要管理，对全国的官员和公职人员进行总量控制，防止财政供养人员过多、过滥。
太仆寺负责马政主要和兵部征用战马有关，主要职能并入兵部，在兵部成立军马司，关于民间养马和养畜的职能并入农水部。卫尉寺作为京师卫戍区实际上就是一支保卫功能的部队，可改为卫尉军。
李纯考虑成熟以后，就和李吉甫、武元衡等朝臣商议自己的改革方案，李吉甫等人感觉这又是一个大动作，对行政机构改革的力度非常大。
朝臣们觉得，这次行政机构改革，新组建了好几个部门，增加了很多确实需要的职能，自然也增加了官位，自然赞成。
李纯即位以来，所做的很多事情刚开始大家看不懂，但是后来都逐步发挥了巨大效果，藩镇问题解决了，国力富强了，对外战争连续获胜，大家对李纯的眼光和能力有了客观的认识，所以这次机构改革获得绝大多数人的同意，一致通过。
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