经过改革，名义上归尚书省管辖的部变成了13个，分别为：礼事部、教育部、人事部、军事部、科工部、农水部、财税部、民政部、工商部、外事部、建设部、交通部、司法部。
审判院、监察院单独设置，主官为为正三品的正使，两院相当于正部级单位，直接对皇帝负责，保证办案不受干扰。
卫尉军、国子监均为正四品副部级单位，卫尉军主管京师卫戍，比较重要，直接对皇帝负责；国子监主要负责人才的培养，与教育密切相关，可由教育部代管。
原来隶属于太常寺的钦天监，相当于一个正五品的司级单位，主管天文、历法事务，也涉及到气象、地震等事务，可以划归新的礼事部管理。
中书省不直接管辖各部门，但实际上为朝廷政务的核心机构，左右丞带三个光禄大夫，负责朝廷日常事务的处理，向皇帝提出建议，并按照皇帝的意见下达各类政令。把翰林院作为中书省的辅助办公机构，设为正四品副部级单位，相当于中书省的办公厅。
门下省作为对中书省监督单位，对于其政令进行审查，对于其不合适的部分提出意见，对于朝廷的施政方针也可以单独提出意见，相当于朝廷顾问的角色。
枢密院作为皇帝的私人办公机构，为正三品正部级单位，设置秘书司（文案和值班）、宗正司（管理宗室）、察访司（调查私访）、廷卫司（御林军）、太府司（皇家后勤），枢密院专门处理与皇帝、宗室密切相关的事务，避免与朝廷事务搅在一起。
内侍监单纯作为皇宫内部的管理机构，为正四品副部级单位，只负责宫廷内的各项事务，宫外的事务一律不得干预，杜绝宦官干政的机会。
经过这次改革，行政机构有增有减，原来一些务虚清闲的部门基本都被撤并掉了，新增了很多国家建设需要的部门，虽然总的部门数量有所增加，但是都是国家发展需要的部门，改革后各部门的职能更加清晰，不会再互相干扰内耗。
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