秦军连续追击数日，俘斩六百余准噶尔骑兵，进入莫因特岭，突遇伏兵四起，据高而下，并以数十门小炮轰击秦军大阵。
刘长秋全身披甲，手执长刀于阵中督战，击杀准噶尔军千余。然而，准噶尔军据险防守，秦军仰攻不利，久未能下，官兵死伤甚重。
两军相持半日后，刘长秋知全军处境危险，游曳在外的大策凌敦多克部四千余骑兵随时都会从后杀来，决定向巴尔喀什湖方向撤退。
但万万没想到，待前军和中军一万余官兵陆续撤离战场后，以喀尔喀蒙古骑兵、回部骑兵为主的掩护部队却开始争相逃离，引发了整个后卫部队的混乱。
恰好此时，大策凌敦多克率三千余精锐准噶尔骑兵及六千余哈萨克附从部队杀到，从侧翼向秦军后卫部队发起猛攻，顿时造成该部秦军崩溃，纷纷打马奔逃。
待秦军退至巴尔喀什湖畔的科里扎尔时，点检部队损失，刘长秋顿时吐出一口血来，损失官兵六千余（后面有一千四百余失散部队陆续归建），马匹骆驼近万匹（头），轻重火炮四十余门，枪械和兵刃无数。
而部队遭遇重大失利后，已军无战心，兵无士气，在诸将的劝说下，刘长秋遂领败兵返回伊犁，然后上表谢罪。
乾元帝收到败报后，勃然大怒，当即命令靖安司将刘长秋锁拿回南京治罪，以败师丧地的名义，削其爵位，然后命其于狱中自裁。
准噶尔汗国获此大胜后，趁势进攻，扫荡伊塞克草原，连续击破十数座大秦移民屯寨堡垒，兵围靖西城（今哈萨克阿拉木图市），大有反攻伊犁之势。
一时间，西北局势糜烂，准噶尔大有复起之势。
于是，乾元帝不得不重新启用岳钟琪，授于他节制甘肃、青海、西域三地军政事务大权，再次主持西北战事。
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