南衙水师十万兵，在多次扩建之中，营建了学堂，只要到南衙水师当兵，就能获得水师军籍，并且可以上松江水师学堂，即便是考不中功名，也可以考讲武学堂，谋求武进士、武举人出身。
松江水师学堂不同于工匠三级学堂，水师学堂考取讲武学堂是一条上升路径，可以直接当庶弁将也就是基层军官的。
所以，南衙诸军，包括凤阳这个地方的军户也在想方设法的进水师，这些年，这种附籍的危害已经被皇帝设立的水师给逐渐消除了。
海瑞在奏疏里详细奏闻了南衙的变化，但皇帝还是下圣旨要杀人，这和皇帝的一贯立场有关。
大明兴文匽武实在是太严重了，从永乐之后，已经荼毒大明一百六十年，再不矫枉过正，就没什么要矫枉的了，军屯卫所的军兵会投了李自成，用脚投票，告诉大明皇帝，不带这样欺负人的。
已经无法造成恶劣影响，不代表朱翊钧要放过这些畜生，凭什么放过他们？过去的委屈就不是委屈了？
非要闹到浙江九营入城剿灭坐寇的地步，才做处置？
在南衙各级官僚们看来，皇帝多少有点蛮不讲理了，说破天了，绕来绕去还是贪腐的小事儿，皇帝就开始喊打喊杀，寒了百官的心，谁给你皇帝当差？皇帝陛下的这个决定多少缺少了些人文关怀，都是统治阶级，为何要赶尽杀绝？
这种质疑，随着圣旨抵达了下蜀镇就开始爆发，但很快，南衙这种风力舆论就开始消失不见，就像是没发生过一样，因为松江镇水师军兵，一共两万水师来到了应天府，开始接管防务。
被寄予厚望的魏国公府、协守南京、兼领后府的徐邦瑞，选择了直接交接防务。
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