张居正在奏疏中称——
首先，矫诏夺权纯属无稽之谈，诏书乃先帝口述，李太后与小万历先阅，他与冯保根本无机会篡改，更不可能篡改，先帝实录已有明确记载，高拱遗言，纯属臆想杜撰。
其次，王大臣闯宫案乃三法司联审，所有过程皆有案宗留存，朝廷可进行复核，而非听取高拱的片面之词。
然后，关于纳贿之事，他承认自己因身体有恙曾收过一些边将送来的补品，但只是正常的人情往来，他也予以回礼，价值几乎相当，且他从未因私交而特意擢升任何人，为此张居正还特别列出了戚继光的战功。
之后，关于称他以新政之名行专权之实之言，他更是直接列出了自他担任首辅后的太仓库收入增长图示。
最后，张居正称近年来为朝廷新政失了孝道、丢了名声、毁了身体，身心俱疲，外加身体有恙，待朝廷调查完此事后，若有罪，可治他罪，若无罪，他则欲请辞回家养老。
小万历看到此奏疏后，两眼噙泪，立即以手谕回复张居正，称相信张居正，定会还他一个公道，然后言说张居正新政之功，希望他能再辅政十年。
与此同时。
许久不涉前朝政事的李太后也下达懿旨，尽言张居正辅政之功，称高拱的诋毁完全是无稽之谈，当下的朝堂与小万历皆离不开张居正。
太后与皇帝同时下旨，言张居正之功，希望他继续辅政，无疑让骑墙摇摆派的一些官员闭上了嘴巴。
而后，小万历又派遣御医探望张居正，了解张居正的病情。
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